i]]تهجير الفلاشا:
ساهم جعفر النميري في إتمام أول عملية تهجير للآلاف من الفلاشا أطلق عليها اسم “عملية موسى” وذلك في العام 1984. وتواصلت فيما بعد عمليات تهجير الفلاشا من إثيوبيا إلى إسرائيل حيث هاجر أكثر من 20 ألفا من الفلاشا في العام 1985 في عملية أطلق عليها اسم ” عملية سبأ ” وذلك بفضل جورج بوش الأب نائب الرئيس الأمريكي وقتئذ، والذي زار الخرطوم من أجل طمأنة النميري وتأكيد الضمان الأمريكي لنجاح العملية ووافق النميري بشرط عدم توجه الطائرات الأمريكية التي ستنقل المهاجرين إلى تل أبيب مباشرة بل عبر مدينة أخرى. وعبر مطار مهجور” العزازا ” بشرق السودان بالقرب من مراكز تجمع الفلاشا، تمكنت المخابرات الأمريكية وعملاؤها من تنفيذ العملية، ونقلتهم الطائرات العسكرية الأمريكية مباشرة إلى مطار عسكري إسرائيلي في منطقة النقب.
التضخم
فيما بين 1980 و 1985 فقد الجنيه السوداني 80% من قيمته بتأثير عودة الحرب الأهلية والسياسة الاقتصادية ولم يعد سعر صرف الجنيه إلى الاستقرار إلا في نهاية التسعينات.
إعدام محمود محمد طه:
أصدر الجمهوريون سنة 1983 كتاباعن الهوس الدينى على أثره أعتقل محمود محمد طه ومعه ما يقرب الخمسين من الجمهوريين لمدة ثمانية عشر شهرا. في نفس هذا العام صدرت قوانين الشريعة الأسلامية والمسماة "بقوانين سبتمبر 1983" فعارضها محمود محمد طه والجمهوريون وفي 25 ديسمبر 1984 أصدر الجمهوريون منشورهم الشهير "هذا أو الطوفان" في مقاومة قوانين سبتمبر. أعتقل الجمهوريون وهم يوزعون المنشور واعتقل محمود محمد طه ومعه أربعة من تلاميذه وقدموا للمحاكمة يوم 7 يناير 1985 وكان محمود محمد طه قد أعلن عدم تعاونه مع تلك المحكمة الصورية في كلمة مشهورة فصدر الحكم بالأعدام ضده وضد الجمهوريين الأربعة بتهمة أثارة الكراهية ضد الدولة..حولت محكمة أخرى التهمة إلى تهمة ردة..و أيد الرئيس جعفر نميرى الحكم ونفذ في صباح الجمعة 18 يناير 1985.
الانتفاضة:
سافر نميري في رحلة علاج إلى واشنطن في الاسبوع الأخير من مارس عام1985، فبلغت مسببات الغضب على نظامه درجاتها العليا. وخرج الناس إلى الشارع تقودهم النقابات والاتحادات والاحزاب بصورة أعيت حيل أعتى نظام أمني بناه نميري في سنوات حكمه، فأعلن وزير دفاع النظام آنذاك، الفريق عبد الرحمن سوار الذهب، انحياز القوات المسلحة للشعب، حين كان نميري في الجو عائداً إلى الخرطوم ليحبط الانتفاضة الشعبية، ولكن معاونيه نصحوه بتغيير وجهته إلى القاهرة.
المنفى والعودة:
لجأ سياسياً إلى مصر عام 1985 إلى عام 2000 حيث عاد إلى السودان وأعلن عن تشكيل حزب سياسي جديد يحمل اسم تحالف قوى الشعب العاملة ثم ترشح للرئاسة وخسر مقابل عمر البشير.
وفاته
توفي يوم السبت الموافق 30 مايو 2009 بعد صراع طويل مع المرض.
رغم إختلاف الساسة في ارئه السياسية إلا ان الكل متفق انه كان عفيف اليد و لم يكنز شي في عهده و توفي في منزل زوجته بأمدرمان.
و يحكي الياور ( الياور كلمة تركية ومعناها المرافق الشخصي ) للرئيس جعفر النميري اللواء علي احمد علي : انهم عندما وصلو القاهرة كان معه حقيبة بها 50 الف دولار مخصصه لزيارة الرئيس لواشنطن فامره جعفر النميري باعادتها الي بنك السودان .